| Stasiun Batang | BTG | Batang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Batang Kuis | BTK | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Batu Ceper | BPR | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Batu Tabal | BTL | Tanah Datar | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Baturaja | BTA | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Batutulis | BTT | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bayah | BAH | Lebak | Jalur kereta api Saketi-Bayah | — |
| Stasiun Bayeman | BYM | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bayongbong | BYO | Garut | Jalur kereta api Cibatu–Cikajang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bedono | BDN | Semarang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang | — |
| Stasiun Bekasi | BKS | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | KAI Commuter |
| Stasiun Bekasi Timur | BKST | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | KAI Commuter |
| Stasiun Bekri | BKI | Lampung Tengah | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Belatung | BLT | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Belawan | BLW | Medan | Jalur kereta api Belawan–Medan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Belimbing Airkak | BIG | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Belimbing Pendopo | BIB | Muara Enim | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Bendosendung | Beo | Blitar | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Benowo | BNW | Surabaya | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Benteng | BET | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | — |
| Stasiun Besitang | BSG | Langkat | Jalur kereta api Besitang–Medan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Binjai | BIJ | Binjai | Jalur kereta api Besitang–Medan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Blambangan Pagar | BBA | Lampung Utara | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Blambangan Umpu | BBU | Way Kanan | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Blimbing | BMG | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Blitar | BL | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun BNI City | BNC | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Bogor | BOO | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | KAI Commuter |
| Stasiun Bogor Paledang | BOP | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Boharan | BH | Sidoarjo | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bojonegoro | BJ | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bojong | BJG | — | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bojong Indah | BOI | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Bojonggede | BJD | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | KAI Commuter |
| Stasiun Bonosare | BNS | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | — |
| Stasiun Bowerno | BWO | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Brambanan | BBN | Klaten | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Branti | BTI | Lampung Selatan | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Brebes | BB | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bringin | BRI | Semarang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang | — |
| Stasiun Brumbung | BBG | Demak | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Buaran | BUA | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | KAI Commuter |
| Stasiun Bukit Putus | BKP | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Indarung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bukittinggi | BKT | Bukittinggi | Jalur kereta api Padangpanjang–Payakumbuh | — |
| Stasiun Bulakamba | BKA | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bumiayu | BMA | Brebes | Jalur kereta api Prupuk-Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bumiwaluya | BMW | Garut | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Bungamas | BGM | Lahat | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |