| Halte Widuri | WDR | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | Kereta Api Indonesia |
| Kampung Tangah railway station | KPG | Tanah Datar | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Museum Kereta Api Ambarawa | ABR | Semarang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang | — |
| Museum Kereta Api Bondowoso | BO | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | Kereta Api Indonesia |
| Museum Kereta Api Sawahlunto | SWL | Lembah Segar | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Aek Loba | AKB | Asahan | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | — |
| Stasiun Aek Nabara | — | Labuhanbatu | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Air Asam | ASM | Muara Enim | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Airtuba | ART | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Alai | AI | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Alastua | ATA | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Ancol | AC | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Andir | AND | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Angke | AK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Anyer Kidul | ANK | Serang | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Araskabu | ARB | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Argopuro | AGO | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Arjasa | AJ | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Arjawinangun | AWN | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Awipari | AW | Tasikmalaya | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Babadan | BBD | Madiun | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Babakan | BBK | Cirebon | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Babat | BBT | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bagor | BGR | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bahlias | BLI | Simalungun | Jalur kereta api Tebingtinggi-Kisaran | — |
| Stasiun Bajalinggei | BJL | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Tebingtinggi-Siantar | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Balapulang | BLP | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bamban | BMB | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bandar Khalipah | BAP | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bandar Tinggi | BDT | Batu Bara | Jalur kereta api Tebingtinggi-Kisaran | — |
| Stasiun Bandara Adisoemarmo | SMO | Ngemplak | Lin Bandar Udara Adisumarmo | — |
| Stasiun Bandara Internasional Minangkabau | BIM | Padang Pariaman | Lin Bandar Udara Internasional Minangkabau | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bandara Kualanamu | KNM | Deli Serdang | Lin Kualanamu | KAI Bandara |
| Stasiun Bandara Soekarno-Hatta | BST | Tangerang | — | KAI Bandara |
| Stasiun Bandung | BD | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bandung Gudang | BDG | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Bangil | BG | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bangoduwa | BDW | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Bangsalsari | BSS | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Banjar | BJR | Banjar | Jalur kereta api Banjar–Cijulang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Banjaran, Tegal | BJN | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Banjarsari | BJI | — | Jalur kereta api Banjar–Cijulang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Banjarsari (Lahat) | BJS | Lahat | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Banyuwangi | BW | Banyuwangi | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Banyuwangi Kota | BWI | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Baron | BRN | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Barru | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Baso | BSO | Agam | Jalur kereta api Padangpanjang–Payakumbuh | — |