| Stasiun Wadu | WDU | Blora | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Walantaka | WLT | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | — |
| Stasiun Walikukun | WK | Ngawi | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wanaraja | WNR | Garut | Jalur kereta api Cibatu–Cikajang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Waru | WR | Waru | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Waruduwur | WDW | Cirebon | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Warungbandrek | WB | Garut | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Warungdowo | WDO | Pasuruan | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wates (Kulonprogo) | WT | Kulon Progo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Way Pisang | WAP | Way Kanan | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Way Tuba | WAY | Way Kanan | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Weleri | WLR | Kendal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wilangan | WLG | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wlingi | WG | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wojo | WJ | Purworejo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wonogiri | WNG | Wonogiri | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wonokerto | WN | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wonokromo | WO | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Wonosari | WNS | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Yogyakarta | YK | Yogyakarta | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |