| Stasiun Sudimara | SDM | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Sudirman | SUD | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Suka Cinta | SCT | Lahat | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Sukabumi | SI | Sukabumi | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Sukamerindu | SKU | Muara Enim | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Sukaraja | SUA | Lahat | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Sukatani | SUT | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | — |
| Stasiun Sukoharjo | SKH | Sukoharjo | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sukomoro | SKM | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sukorejo | SKJ | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sukowono | SKW | Jember | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sulur | SL | Grobogan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sulusuban | SLS | Lampung Tengah | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Sumbergempol | SBL | Tulungagung | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumberlawang | SUM | Sragen | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumberpucung | SBP | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumberrejo | SRJ | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumberwadung | SWD | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumlaran | SLR | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumobito | SBO | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumpiuh | SPH | Banyumas | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sumpur | SPR | Tanah Datar | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | — |
| Stasiun Sungai Lagoa | SAO | Jakarta Utara | — | — |
| Stasiun Sungai Lassi | SNL | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sungai Limau | — | Padang Pariaman | Jalur kereta api Lubuk Alung–Naras | — |
| Stasiun Sungai Tuha | SGT | Ogan Komering Ulu Timur | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Sunggal | SUN | Deli Serdang | Jalur kereta api Besitang–Medan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Surabaya Gubeng | SGU | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Surabaya Kota | Sb | Surabaya | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Surabaya Pasarturi | SBI | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Surabayan | SBN | Lamongan | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Suradadi | SD | Tegal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Susuhan | SS | Kediri | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Tabing | TAB | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Tagogapu | TAU | Bandung Barat | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Takkalasi | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Talang Padang | TLP | Muara Enim | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Talangbaru | TLB | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Talun | TAL | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Taman Kota | TKO | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Tamanan | TMN | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | — |
| Stasiun Tambak | TBK | Banyumas | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Tambun | TB | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | KAI Commuter |
| Stasiun Tanah Tinggi | TTI | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Tanahabang | THB | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Tandes | — | Surabaya | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Tanete Rilau | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Tangerang | TNG | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |