| Stasiun Pondok Cina | POC | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | KAI Commuter |
| Stasiun Pondok Jati | POK | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | KAI Commuter |
| Stasiun Pondok Rajeg | PDRG | Depok | Lin Bogor | KAI Commuter |
| Stasiun Pondok Ranji | PDJ | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Pondok S5 | — | Labuhanbatu | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Poris | PI | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Porong | PR | Sidoarjo | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prabumulih | PBM | Prabumulih | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Prabumulih Baru | PBR X5 | Prabumulih | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prabumulih Baru X6 | PBR X6 | Prabumulih | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prajekan | PRJ | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prambon | PBN | Sidoarjo | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prembun | PRB | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Pringkasap | PRI | Subang | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Probolinggo | PB | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Prupuk | PPK | Tegal | Jalur kereta api Prupuk-Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Pucuk | PC | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Pulau Aie | PLA | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | — |
| Stasiun Pulu Brayan | PUB | Medan | Jalur kereta api Belawan–Medan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Pulu Raja | PUR | Asahan | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | — |
| Stasiun Purwakarta | PWK | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Purwoasri | PWA | Kediri | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Purwokerto | PWT | Banyumas | Jalur kereta api Prupuk-Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Purworejo | PWR | Purworejo | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Purwosari | PWS | Surakarta | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rajamandala | RM | Bandung Barat | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rajapolah | RJP | Tasikmalaya | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rajawali | RJW | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Rambipuji | RBP | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rampah | RPH | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rancaekek | RCK | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Randegan | RDN | Cilacap | Jalur kereta api Prupuk-Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Randuagung | RDA | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Randublatung | RBG | Blora | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rangkasbitung | RK | Lebak | Jalur kereta api Rangkasbitung-Labuan | KAI Commuter |
| Stasiun Rantau Prapat | RAP | Labuhanbatu | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rantau Prapat Baru | — | Labuhanbatu | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Ranuyoso | RN | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rawa Buaya | RW | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Rawa Buntu | RU | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Rejoso | RO | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rejotangan | RJ | Tulungagung | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rendeh | RH | Bandung Barat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rengas | RGS | Lampung Tengah | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Rewulu | RWL | Bantul | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Rogojampi | RGP | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sadang | SAD | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Saketi | STI | Pandeglang | Jalur kereta api Rangkasbitung-Labuan | Kereta Api Indonesia |