| Stasiun Salem | SLM | Sragen | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Saradan | SRD | Madiun | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sasaksaat | SKT | Bandung Barat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Saungnaga | SNA | Lahat | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | — |
| Stasiun Sawah Besar | SW | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Secang | SCA | Magelang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang | — |
| Stasiun Sedadi | SDI | Penawangan | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan | — |
| Stasiun Sei Bejangkar | SBJ | Batu Bara | Jalur kereta api Tebingtinggi-Kisaran | — |
| Stasiun Selajambe | SLJ | Cianjur | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Semarang Gudang | SMG | Semarang | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Semarang Pelabuhan | SMH | Semarang | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Semarang Poncol | SMC | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Semarang Tawang | SMT | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sembung | SMB | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sempolan | SPL | Jember | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sengon | SN | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sentolo | STL | Kulon Progo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sepancar | SPC | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Sepanjang | SPJ | Sidoarjo | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Serang | SG | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Serdang | SDN | Muara Enim | Jalur kereta api Prabumulih-Kertapati | — |
| Stasiun Serpong | SRP | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Siantar | SIR | Pematang Siantar | Jalur kereta api Tebingtinggi-Siantar | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sicincin | SCN | Padang Pariaman | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sidareja | SDR | Cilacap | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sidoarjo | SDA | Sidoarjo | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sidotopo | SDT | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sikampuh | SKP | Cilacap | Jalur kereta api Kroya–Cilacap | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Silungkang | SLN | Kota Sawahlunto | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Simpang | SIG | Ogan Ilir | Jalur kereta api Prabumulih-Kertapati | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sindanglaut | SDU | Cirebon | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Singkarak | SKA | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Singojuruh | SGJ | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Singosari | SGS | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Situbondo | SIT | Situbondo | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Situngir | SIU | Labuhanbatu Utara | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | — |
| Stasiun Slawi | SLW | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Soka | SOA | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Solo Balapan | SLO | Surakarta | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Solo Jebres | SK | Surakarta | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Solo Kota | STA | Surakarta | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Solok | SLK | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Songgom | SGG | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sragen | SR | Sragen | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sragi | SRI | Jawa Tengah | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Srowot | SWT | Klaten | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Sruweng | SRW | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Stabat | SBT | Gohor Lama | Jalur kereta api Besitang–Medan | Kereta Api Indonesia |