| Stasiun Ancol | AC | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Angke | AK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Batu Ceper | BPR | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Bekasi | BKS | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Bekasi Timur | BKST | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun BNI City | BNC | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Bogor | BOO | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Bojong Indah | BOI | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Bojonggede | BJD | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Buaran | BUA | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Cakung | CUK | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Cawang | CW | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Cibinong | CBN | Bogor | Lin Lingkar |
| Stasiun Cibitung | CIT | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Cicayur | CC | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Cikampek | CKP | Karawang | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Cikarang | CKR | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Cikini | CKI | Jakarta Pusat | Lin Bogor |
| Stasiun Cikoya | CKY | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Cilebut | CLT | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Cilejit | CJT | Bogor | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Cisauk | CSK | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Citayam | CTA | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Citeras | CTR | Lebak | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Daru | DAR | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Depok | DP | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Depok Baru | DPB | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Duren Kalibata | DRN | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Duri | DU | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Gang Sentiong | GST | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Gondangdia | GDD | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Grogol | GRG | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Gunung Putri | GPI | Bogor | Lin Lingkar |
| Stasiun Jakarta International Stadium | JIS | Jakarta Utara | Commuter Line Tanjung Priok |
| Stasiun Jakarta Kota | JAKK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Jatake | JTK | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Jatinegara | JNG | Jakarta Timur | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Jayakarta | JYK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Juanda | JUA | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Jurangmangu | JMU | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Kalideres | KDS | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Kampung Bandan | KPB | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Karet | KAT | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Kebayoran | KBY | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Kemayoran | KMO | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Klari | KLI | Karawang | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Klender | KLD | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Klender Baru | KLDB | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |