| Stasiun Kramat | KMT | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Kranji | KRI | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Lenteng Agung | LNA | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Lumpang Parayasa | — | Bogor | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Maja | MJ | Lebak | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Mampang | MPG | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Mangga Besar | MGB | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Manggarai | MRI | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Matraman | MTR | Jakarta Timur | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Nambo | NMO | Bogor | Lin Lingkar |
| Stasiun Palmerah | PLM | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Parungpanjang | PRP | Bogor | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Pasar Minggu | 702 | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Pasar Minggu Baru | PSMB | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Pasar Senen | PSE | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Pesing | PSG | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Pondok Cina | POC | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Pondok Jati | POK | Jakarta Timur | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Pondok Rajeg | PDRG | Depok | Lin Bogor |
| Stasiun Pondok Ranji | PDJ | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Poris | PI | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Rajawali | RJW | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Rangkasbitung | RK | Lebak | Jalur kereta api Rangkasbitung-Labuan |
| Stasiun Rawa Buaya | RW | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Rawa Buntu | RU | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Sawah Besar | SW | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Serpong | SRP | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Sudimara | SDM | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Sudirman | SUD | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Taman Kota | TKO | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Tambun | TB | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Tanah Tinggi | TTI | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Tanahabang | THB | Jakarta Pusat | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Tangerang | TNG | Tangerang | Jalur kereta api Tangerang-Duri |
| Stasiun Tanjung Barat | TNT | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Tanjung Priok | TPK | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta |
| Stasiun Tebet | TEB | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Telagamurni | MTM | Bekasi | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Tenjo | TEJ | Bogor | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Tigaraksa | TGS | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Tigaraksa Kota Podomoro | — | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Universitas Indonesia | UI | Depok | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Universitas Pancasila | UP | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |