| Stasiun Indro | IDO | Gresik | Jalur kereta api Kandangan-Gresik | — |
| Stasiun Jakarta Gudang | JAKG | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta | — |
| Stasiun Jakarta International Stadium | JIS | Jakarta Utara | Commuter Line Tanjung Priok | KAI Commuter |
| Stasiun Jakarta Kota | JAKK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Jambon | JBN | Grobogan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jambu | JMB | Semarang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang | — |
| Stasiun Jambu Baru | JBU | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jatake | JTK | Tangerang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Jati | JI | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jatibarang | JTB | Indramayu | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jatinegara | JNG | Jakarta Timur | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Jatiroto | JTR | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jayakarta | JYK | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Jember | JR | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jenar | JN | Purworejo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jerakah | JRK | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jeruklegi | JRL | Cilacap | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Jombang | JG | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Juanda | JUA | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Jurangmangu | JMU | Tangerang Selatan | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Juwana | JU | Juwana | — | — |
| Stasiun Kabat | KBT | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kacang | KCN | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kadipiro | KDO | Surakarta | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kadokangabus | KAB | Indramayu | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalasan | KLS | Sleman | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalibalangan | KAG | Lampung Utara | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Kalibaru | KBR | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalibodri | KBD | Kendal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kaliboto | KLO | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalideres | KDS | Jakarta Barat | Jalur kereta api Tangerang-Duri | KAI Commuter |
| Stasiun Kalimas | KLM | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | — |
| Stasiun Kalioso | KO | Karanganyar | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalipucang | KLC | Pangandaran | Jalur kereta api Banjar–Cijulang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalisat | KLT | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalisetail | KSL | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kalitidu | KIT | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kaliwedi | KLW | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kaliwungu | KLN | Kendal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kamojan | KMJ | Garut | Jalur kereta api Cibatu–Cikajang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kampung Bandan | KPB | Jakarta Utara | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Kampung Jua | KAJ | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Indarung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kandang Ampat | KDP | Padang Pariaman | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kandangan | KDA | Surabaya | Jalur kereta api Kandangan-Gresik | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kapas | KPS | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Kapuan | KPA | Blora | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Karangantu | KRA | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Karanganyar | KA | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta | Kereta Api Indonesia |