| Stasiun Pekalongan | PK | Pekalongan | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Pemalang | PML | Pemalang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Perbaungan | PBA | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Petarukan | PTA | Pemalang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Peterongan | PTR | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |
| Stasiun Petung | PET | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Plabuan | PLB | Batang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Plered | PLD | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Plumpang | PMG | Tuban | Jalur kereta api Babat-Tuban |
| Stasiun Pohgajih | PGJ | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Pondok S5 | — | Labuhanbatu | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat |
| Stasiun Porong | PR | Sidoarjo | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil |
| Stasiun Prabumulih Baru | PBR X5 | Prabumulih | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang |
| Stasiun Prabumulih Baru X6 | PBR X6 | Prabumulih | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih |
| Stasiun Prajekan | PRJ | Bondowoso | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan |
| Stasiun Prambon | PBN | Sidoarjo | — |
| Stasiun Prembun | PRB | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Pringkasap | PRI | Subang | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Probolinggo | PB | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Prupuk | PPK | Tegal | Jalur kereta api Prupuk-Kroya |
| Stasiun Pucuk | PC | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Pulu Brayan | PUB | Medan | Jalur kereta api Belawan–Medan |
| Stasiun Purwakarta | PWK | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Purwoasri | PWA | Kediri | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Purwokerto | PWT | Banyumas | Jalur kereta api Prupuk-Kroya |
| Stasiun Purworejo | PWR | Purworejo | — |
| Stasiun Purwosari | PWS | Surakarta | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Rajamandala | RM | Bandung Barat | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Rajapolah | RJP | Tasikmalaya | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Rambipuji | RBP | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Rampah | RPH | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Rancaekek | RCK | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Randegan | RDN | Cilacap | Jalur kereta api Prupuk-Kroya |
| Stasiun Randuagung | RDA | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Randublatung | RBG | Blora | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Rantau Prapat | RAP | Labuhanbatu | — |
| Stasiun Rantau Prapat Baru | — | Labuhanbatu | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat |
| Stasiun Ranuyoso | RN | Lumajang | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Rejoso | RO | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Rejotangan | RJ | Tulungagung | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Rendeh | RH | Bandung Barat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Rewulu | RWL | Bantul | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Rogojampi | RGP | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Sadang | SAD | Purwakarta | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |
| Stasiun Saketi | STI | Pandeglang | Jalur kereta api Rangkasbitung-Labuan |
| Stasiun Salem | SLM | Sragen | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan |
| Stasiun Saradan | SRD | Madiun | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Sasaksaat | SKT | Bandung Barat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang |