| Stasiun Sumpiuh | SPH | Banyumas | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Sungai Lassi | SNL | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto |
| Stasiun Sunggal | SUN | Deli Serdang | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Surabaya Gubeng | SGU | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya |
| Stasiun Surabaya Kota | Sb | Surabaya | — |
| Stasiun Surabaya Pasarturi | SBI | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya |
| Stasiun Surabayan | SBN | Lamongan | — |
| Stasiun Suradadi | SD | Tegal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Susuhan | SS | Kediri | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Tabing | TAB | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung |
| Stasiun Tagogapu | TAU | Bandung Barat | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Takkalasi | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare |
| Stasiun Talun | TAL | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Tambak | TBK | Banyumas | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Tandes | — | Surabaya | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Tanete Rilau | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare |
| Stasiun Tanggul | TGL | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Tanggulangin | TGA | Tanggulangin | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil |
| Stasiun Tanggung | TGG | Grobogan | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan |
| Stasiun Tanjung | TGN | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Tanjung Karang | TNK | Bandar Lampung | — |
| Stasiun Tanjung Pura | TPU | Teluk Bakung | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Tanjung Selamat | TAS | Tanjung Selamat | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Tanjungbalai | TNB | Tanjung Balai | — |
| Stasiun Tanjungrasa | TJS | Subang | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Tarik | TRK | Sidoarjo | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |
| Stasiun Tasikmalaya | TSM | Tasikmalaya | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Tebing Tinggi | TBI | Tebing Tinggi | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Tegal | TG | Tegal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Tegowanu | TGW | Grobogan | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan |
| Stasiun Telagasari | TLS | Indramayu | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Telawa | TW | Boyolali | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan |
| Stasiun Teluk Mengkudu | TKE | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Tempuran | TPN | Semarang | Jalur kereta api Kedungjati–Secang |
| Stasiun Temuguruh | TGR | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Terisi | TIS | Indramayu | Jalur kereta api Cikampek-Cirebon |
| Stasiun Tobo | TBO | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Tonjong Baru | TOJB | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Tuban | TN | Tuban | Jalur kereta api Babat-Tuban |
| Stasiun Tulangan | TLN | Sidoarjo | — |
| Stasiun Tulungagung | TA | Tulungagung | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Ujungnegoro | UJN | Batang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Wadu | WDU | Blora | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Walikukun | WK | Ngawi | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Wanaraja | WNR | Garut | Jalur kereta api Cibatu–Cikajang |
| Stasiun Waru | WR | Waru | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil |
| Stasiun Waruduwur | WDW | Cirebon | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Warungdowo | WDO | Pasuruan | — |