| Stasiun Wates (Kulonprogo) | WT | Kulon Progo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Weleri | WLR | Kendal | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Wilangan | WLG | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Wlingi | WG | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Wojo | WJ | Purworejo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Wonogiri | WNG | Wonogiri | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno |
| Stasiun Wonokerto | WN | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Wonokromo | WO | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya |
| Stasiun Wonosari | WNS | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Yogyakarta | YK | Yogyakarta | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |