| Stasiun Selajambe | SLJ | Cianjur | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Semarang Gudang | SMG | Semarang | — |
| Stasiun Semarang Pelabuhan | SMH | Semarang | — |
| Stasiun Semarang Poncol | SMC | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Semarang Tawang | SMT | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Sembung | SMB | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |
| Stasiun Sempolan | SPL | Jember | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Sengon | SN | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Sentolo | STL | Kulon Progo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Sepanjang | SPJ | Sidoarjo | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |
| Stasiun Serang | SG | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Siantar | SIR | Pematang Siantar | Jalur kereta api Tebingtinggi-Siantar |
| Stasiun Sicincin | SCN | Padang Pariaman | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung |
| Stasiun Sidareja | SDR | Cilacap | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Sidoarjo | SDA | Sidoarjo | Jalur kereta api Wonokromo–Bangil |
| Stasiun Sidotopo | SDT | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya |
| Stasiun Sikampuh | SKP | Cilacap | Jalur kereta api Kroya–Cilacap |
| Stasiun Silungkang | SLN | Kota Sawahlunto | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto |
| Stasiun Simpang | SIG | Ogan Ilir | Jalur kereta api Prabumulih-Kertapati |
| Stasiun Sindanglaut | SDU | Cirebon | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Singkarak | SKA | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto |
| Stasiun Singojuruh | SGJ | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Singosari | SGS | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Situbondo | SIT | Situbondo | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan |
| Stasiun Slawi | SLW | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Soka | SOA | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Solo Balapan | SLO | Surakarta | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Solo Jebres | SK | Surakarta | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Solo Kota | STA | Surakarta | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno |
| Stasiun Solok | SLK | Solok | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto |
| Stasiun Songgom | SGG | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Sragen | SR | Sragen | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Sragi | SRI | Jawa Tengah | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Srowot | SWT | Klaten | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Sruweng | SRW | Kebumen | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Stabat | SBT | Gohor Lama | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Sukoharjo | SKH | Sukoharjo | Jalur kereta api Purwosari–Wonogiri–Baturetno |
| Stasiun Sukomoro | SKM | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Sukorejo | SKJ | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Sukowono | SKW | Jember | Jalur kereta api Kalisat-Panarukan |
| Stasiun Sulur | SL | Grobogan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Sumbergempol | SBL | Tulungagung | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Sumberlawang | SUM | Sragen | Jalur kereta api Gundih–Solo Balapan |
| Stasiun Sumberpucung | SBP | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Sumberrejo | SRJ | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Sumberwadung | SWD | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Sumlaran | SLR | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Sumobito | SBO | Jombang | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |