| Stasiun Lubuk Alung | LA | Padang Pariaman | Jalur kereta api Bukit Putus–Lubuk Alung | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Lubuk Batang | LBT | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Lubuk Pakam | LBP | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Lubuk Rukam | LRM | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Lubuklinggau | LLG | Lubuk Linggau | Jalur kereta api Lubuk Linggau–Prabumulih | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Lumajang | Lm | Lumajang | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Lumpang Parayasa | — | Bogor | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Luwung | LWG | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Madiun | MN | Madiun | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Magetan | MAG | Magetan | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Maguwo | MGW | Sleman | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Maja | MJ | Lebak | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan | KAI Commuter |
| Stasiun Malang | ML | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Malang Kotalama | MLK | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Malasan | MLS | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mampang | MPG | Jakarta Pusat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Mangga Besar | MGB | Jakarta Barat | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Manggarai | MRI | Jakarta Selatan | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | KAI Commuter |
| Stasiun Mangkang | MKG | Semarang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mangkoso | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mangli | MI | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Manonjaya | MNJ | Tasikmalaya | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Maos | MA | Cilacap | Jalur kereta api Kroya–Cilacap | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Marbau | MBU | Labuhanbatu Utara | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Margasari | MGS | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Martapura | MP | Ogan Komering Ulu Timur | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Masaran | MSR | Sragen | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Maseng | MSG | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Maswati | MSI | Bandung Barat | Jalur kereta api Jakarta–Cikampek–Padalarang | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Matraman | MTR | Jakarta Timur | Jalur kereta api lintas Jakarta | KAI Commuter |
| Stasiun Medan | MDN | Medan | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | KAI Bandara |
| Stasiun Medan Pasar | MDP | Medan | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Meluwung | MLW | Cilacap | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan | — |
| Stasiun Membang Muda | MBM | Labuhanbatu Utara | Jalur kereta api Kisaran-Rantauprapat | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Menes | MNS | Pandeglang | Jalur kereta api Rangkasbitung-Labuan | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Merak | MER | Cilegon | Commuter Line Merak | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Merakurak | MKR | Tuban | Jalur kereta api Babat-Tuban | — |
| Stasiun Mertoyudan | MTY | Magelang | — | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mesigit | MST | Surabaya | Jalur kereta api lintas Surabaya | — |
| Stasiun Metur | MET | Ogan Komering Ulu | Jalur kereta api Prabumulih–Panjang | — |
| Stasiun Minggiran | MGN | Kediri | Jalur kereta api Bangil-Kertosono | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mojokerto | MR | Mojokerto | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Montelan | MTL | Purworejo | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun Mrawan | MRW | Jember | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi | Kereta Api Indonesia |
| Stasiun MRT ASEAN Headquarters | SSM | Jakarta Selatan | Lin Utara–Selatan | — |
| Stasiun MRT Bendungan Hilir | BNH | Jakarta Selatan | Lin Utara–Selatan | — |
| Stasiun MRT Blok A | BLA | Jakarta Selatan | Lin Utara–Selatan | — |
| Stasiun MRT Blok M | BLM | Jakarta Selatan | Lin Utara–Selatan | — |