| Stasiun Babat | BBT | Lamongan | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Bagor | BGR | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Bajalinggei | BJL | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Tebingtinggi-Siantar |
| Stasiun Balapulang | BLP | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Bamban | BMB | Serdang Bedagai | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Bandar Khalipah | BAP | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Bandara Internasional Minangkabau | BIM | Padang Pariaman | Lin Bandar Udara Internasional Minangkabau |
| Stasiun Bandung | BD | Bandung | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Bangil | BG | Pasuruan | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Bangoduwa | BDW | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Bangsalsari | BSS | Jember | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Banjar | BJR | Banjar | Jalur kereta api Banjar–Cijulang |
| Stasiun Banjaran, Tegal | BJN | Tegal | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Banjarsari | BJI | — | Jalur kereta api Banjar–Cijulang |
| Stasiun Banyuwangi | BW | Banyuwangi | — |
| Stasiun Banyuwangi Kota | BWI | Banyuwangi | Jalur kereta api Kalisat-Banyuwangi |
| Stasiun Baron | BRN | Nganjuk | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Barru | — | Barru | Jalur kereta api Makassar–Parepare |
| Stasiun Batang | BTG | Batang | Jalur kereta api Cirebon–Semarang |
| Stasiun Batang Kuis | BTK | Deli Serdang | Jalur kereta api Medan–Tebing Tinggi |
| Stasiun Batu Tabal | BTL | Tanah Datar | Jalur kereta api Padang Panjang–Sawahlunto |
| Stasiun Batutulis | BTT | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Bayeman | BYM | Probolinggo | Jalur kereta api Bangil-Kalisat |
| Stasiun Bayongbong | BYO | Garut | Jalur kereta api Cibatu–Cikajang |
| Stasiun Belawan | BLW | Medan | Jalur kereta api Belawan–Medan |
| Stasiun Bendosendung | Beo | Blitar | — |
| Stasiun Benowo | BNW | Surabaya | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Besitang | BSG | Langkat | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Binjai | BIJ | Binjai | Jalur kereta api Besitang–Medan |
| Stasiun Blimbing | BMG | Malang | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Blitar | BL | Blitar | Jalur kereta api Bangil-Kertosono |
| Stasiun Bogor Paledang | BOP | Bogor | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Boharan | BH | Sidoarjo | Jalur kereta api Kertosono-Wonokromo |
| Stasiun Bojonegoro | BJ | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Bojong | BJG | — | Jalur kereta api Bogor–Padalarang–Kasugihan |
| Stasiun Bowerno | BWO | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |
| Stasiun Brambanan | BBN | Klaten | Jalur kereta api Kutoarjo–Purwosari |
| Stasiun Brebes | BB | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Brumbung | BBG | Demak | Jalur kereta api segitiga Brumbung–Gundih–Gambringan |
| Stasiun Bukit Putus | BKP | Padang | Jalur kereta api Bukit Putus–Indarung |
| Stasiun Bulakamba | BKA | Brebes | Jalur kereta api segitiga Cirebon–Prupuk–Tegal |
| Stasiun Bumiayu | BMA | Brebes | Jalur kereta api Prupuk-Kroya |
| Stasiun Bungkaih | BKH | Aceh Utara | Jalur kereta api Krueng Mane–Krueng Geukueh |
| Stasiun Butuh | BTH | Purworejo | Jalur kereta api Cilacap–Yogyakarta |
| Stasiun Cangkring | CNK | Cirebon | Jalur kereta api Cikampek–Cirebon–Kroya |
| Stasiun Caruban | CRB | Madiun | Jalur kereta api Solo Balapan-Madiun |
| Stasiun Catang | CT | Serang | Jalur kereta api Anyer Kidul–Kampung Bandan |
| Stasiun Celangap | CEA | Bojonegoro | Jalur kereta api Gambringan–Surabaya Pasarturi |