Pelabuhan di Kepulauan Yapen

• Pelabuhan Ambai
• Pelabuhan Ampimoi
• Pelabuhan Angkaisera
• Pelabuhan Ansus
• Pelabuhan Dawai
• Pelabuhan Kabuena
• Pelabuhan Kaipuri
• Pelabuhan Kurudu
• Pelabuhan Miosnum
• Pelabuhan Poom
• Pelabuhan Randawaya
• Pelabuhan Saubeba
• Pelabuhan Sumberbaba
• Pelabuhan Sungai Waren
• Pelabuhan Wainapi
• Pelabuhan Wooi

Halaman tersendiri hanya untuk pelabuhan yang memiliki data selain lokasi (kode UN/LOCODE, tahun dibuka, situs pengelola).